北京市二十一世纪学校开设小学、初中、高中国家课程，美国AP课程，英国A-Level课程等。

其中特色课程包括：12年一贯制中华传统文化课程、英语直通车课程、健康课程、艺术审美课程、劳动课程、电影课程、世纪演说家课程、礼仪课程、研学课程、活动课程等。